Козацький нащадок побачив світ у Новгород-Сіверському.

У 1905 р. Володимир Науменко відкрив на власні кошти на вул. Велика Підвальна (нині вул. Ярославів Вал) чоловічу гімназію, став її директором. З роками В. Науменко став дійсним статським радником, що відповідало чину генерал-майора. У цій гімназії у 1908-1915 рр. учився М. Т. Рильський.

Йому належала ділянка землі, де поховано Т. Шевченка, власним коштом він доглядав могилу, створював музей.

Коли в Київ увійшли червоні, В. Науменко потрапив до списку ворогів №1: царський генерал, міністр у Скоропадського. У нього відібрали «зайву» білизну, костюм, пальто, взуття.

На день народження 66-річчя опівночі 7 липня 1919 р. у двері квартири Науменка, постукали: «Відкрийте, ЧК!». Забрали документи, портфель, гроші, арештували хазяїна. Вранці у середу 8 липня перший допит у справі № 232. На питання про ставлення до комуністичної влади арештований чесно відповів: «До радянської влади ставлюсь негативно». «Применить высшую меру наказания и поставить в известность т. Раковского», — кривавими чорнилами написав В. Лацис. Увечері у вівторок 8 липня В. Науменка розстріляв комендант ВУЧК Терехов за так звану «контрреволюційну діяльність». Проти ночі 9 липня Науменка закопали разом із іншими убитими.

Довідавшись про арешт Науменка, 9 липня не побоялися написати протест владі перший президент УАН академік В. І. Вернадський та секретар-академік А. Ю. Кримський, але вирок було вже виконано.

Доля родини Володимира Науменка не з’ясована, припускають, що дружину і дітей також було репресовано.